转录本的定义和概念

转录本是由一条基因通过转录形成的一种或多种可供编码蛋白质的成熟的mRNA。

(资料图片)

通过pcr实验的时候反转录获得cDNA时，引物的设计就是根据转录本设计的。那在我们的研究的疾病中，如何确定我们是那个转录本？

好的方法就是我选择该基因不同转录本【共有的序列】进行引物设计，那们不管是表达那个转录本，都可以检测到我们需要的（当然研究具体某一个转录本的功能的时候不能这样子做）

引物设计思路

接下来介绍引物设计思路

一、高分引物

1.方法1:

https://www.home-for-researchers.com/static/index.html#/

使用科研者之家的【AI写作助手】进行高分引物查找--推荐

GAPDH forward primer, 5-AACTTTGGCATTGTGGAAGGGCTC-3; GAPDH reverse primer, 5-TGGAAGAGTGGGAGTTGCTGTTGA-3.

随便选择一个高分文献的引物进行下一步的核对

2.方法2:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/

PMC：免费查找全文

需要安装显示影响因子的插件，选择高分文献的引物比较靠谱

二、转录本

说明小鼠的GAPDH的转录本一共有8个，最好基于8个转录本【共有的序列】设计引物。

三、blast

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

TOTAL SCORE 越高越好

E value 越小越好

不要看预测的，只要关注自己的物种的基因的转录本是否都可以预测到

说明该高分文献的前引物是可以检测到8个不同的转录本，说明该引物比较好。同样的方法核对后引物。

送给大家这个比较好的小鼠的GAPDH引物序列

GAPDH forward primer, 5-AACTTTGGCATTGTGGAAGGGCTC-3; 

GAPDH reverse primer, 5-TGGAAGAGTGGGAGTTGCTGTTGA-3.